Dopo il login iniziale tramite il client iFolder, l'utente può iniziare ad aggiungere file alla directory locale iFolder e viene avviata la sincronizzazione automatica. Il client iFolder è sempre al corrente di tutte le attività locali e, in base alle preferenze di sincronizzazione scelte dall'amministratore o dall'utente, richiede con regolarità al server iFolder di scaricare eventuali nuovi dati. Una volta scaricati i dati, il server iFolder carica eventuali aggiornamenti dalla directory locale iFolder. Quando l'utente accede al proprio conto da un computer diverso, il server iFolder scarica gli eventuali aggiornamenti prima di caricare le modifiche del client.
Ogni volta che il client iFolder esegue il login al server iFolder, confronta le mappe di file (metadati sul file nella directory locale iFolder) e le mappe di directory (metadati sulla directory locale iFolder) tra loro e con il server iFolder. Le mappe di file e le mappe di directory si trovano nella workstation locale in c:\Programmi\novell\iFolder\nome_utente\home. Se vengono rilevate incongruenze tra le mappe di file e le mappe di directory, il client iFolder scarica prima i nuovi file dal server, quindi carica i nuovi file locali. Una volta caricati o scaricati i file tra il server e il client iFolder, vengono inviate in rete solo le modifiche, non l'intero file, a blocchi da 4 KB. Ciò consente di velocizzare le operazioni di scaricamento e caricamento, anche se si utilizza un modem con velocità di trasferimento ridotta.
IMPORTANTE: Alcune applicazioni, ad esempio Microsoft Word, riscrivono completamente il file indipendentemente dalla rilevanza della modifica apportata. Se l'applicazione in uso riscrive completamente il file, iFolder lo riconosce come nuovo al 100% e sincronizza l'intero file.
Il server iFolder riceve quindi i nuovi file e li aggiunge all'indice di sincronizzazione, che indica lo stato attuale del file system. L'indice di sincronizzazione di iFolder è di dimensione piuttosto ridotta (4 byte).
Se gli indici di sincronizzazione corrispondono nel server e nel client iFolder, non è stata apportata alcuna modifica. Quando lo stesso utente esegue il login da un'altra workstation, viene eseguito il confronto tra l'indice di sincronizzazione del client e l'indice di sincronizzazione del server iFolder e il client scarica le eventuali modifiche. Il client iFolder effettua un monitoraggio costante del file system e memorizza eventuali modifiche nella cache. Se si verificano conflitti tra i file, iFolder utilizza la funzione di registrazione dell'orario per risolvere tali conflitti. Viene mantenuto il file con registrazione dell'orario più recente e il file precedente viene inserito nella cartella dei conflitti, alla quale è possibile accedere dal menu della barra delle applicazioni di iFolder sulla workstation locale. Per ulteriori informazioni sulla cartella dei conflitti, vedere la sezione Uso della cartella dei conflitti .