iFolder supporta fino a 32.765 directory nella directory locale iFolder dell'utente. Se tale numero viene superato, iFolder interrompe la scrittura nella directory locale ed è possibile che si verifichino perdite di dati. In genere, gli utenti iFolder non superano il limite massimo.
Si consiglia di controllare periodicamente il numero di directory presenti nella propria directory locale iFolder e di riorganizzare le cartelle in base alle necessità, al fine di mantenere il numero di directory al di sotto del limite massimo consentito.