При регистрации пользователя клиент iFolder аутентифицируется в сервере iFolder путем пересылки зашифрованного имени пользователя и пароля через канал связи с Интернетом на сервер iFolder. Сервер iFolder использует эту информацию для проверки существования пользователя, а затем проверяет, был ли на консоли управления iFolder разрешен доступ к iFolder для объекта "Пользователь". Если объект "Пользователь" был разрешен, на сервере iFolder должна быть создана учетная запись пользователя, после чего пользователь может работать с iFolder на своей локальной рабочей станции. Создание учетной записи происходит при первой регистрации пользователя в сервере iFolder с помощью клиента iFolder. После создания учетной записи пользователя ею можно управлять через консоль управления iFolder.
После первой регистрации пользователь может добавлять файлы в свой каталог iFolder. Синхронизация файлов будет выполняться автоматически. Клиент iFolder всегда отслеживает локальные операции и в соответствии с выполненными Вами или пользователем настройками синхронизации регулярно запрашивает у сервера iFolder выгрузку новых данных. После выгрузки данных сервер iFolder загружает все обновления из локального каталога iFolder. Когда пользователь обращается к своей учетной записи с другого компьютера, сервер iFolder сначала выполняет копирование всех изменений на локальный компьютер, а затем выполняет загрузку изменений локальных файлов, отслеженных клиентом iFolder.